In der nativen App werden externe Links (Webseiten/PDFs usw.) in einem sogenannten Childbrowser geöffnet. Dies ist eine Art Browserfenster, dass sich innerhalb der App öffnet ohne, dass Du die App verlassen musst. Mit dem Zurück Button gelangst Du zurück in Deine App.
In der Web App werden alle Webseiten in einem neuen Tab des Browsers angezeigt. Somit kommt man nicht mehr automatisch in die Web App zurück. Die Web App muss also entweder neu geöffnet werden oder sie befindet sich in einem anderen Browser Tab.